成交支付时原则上由买方预扣10.21%
根据日本国税厅以2026年4月1日现行法律为基础发布的说明，如果从非居民个人或外国法人购买位于日本国内的土地、建筑物等，并在日本支付转让价款，支付人原则上必须按照10.21%的比例预扣所得税及复兴特别所得税。预扣义务人通常是支付成交款的买方，并不仅限于公司。重要例外是：成交价不超过1亿日元、买方为个人，并且购买用途是本人或亲属居住时，可以不适用该项预扣。因此，同样是3,000万日元的住宅交易，如果买方是公司或个人自住，交割时的税务处理可能完全不同。
10.21%并不是最终资本利得税税率
实践中最容易发生的误解，是把成交款的10.21%直接理解为卖方最终需要承担的税。日本房地产转让所得原则上是用出售收入减去取得成本、出售费用及符合条件的特别扣除后计算。因此，即使房产以低于原购买价格出售，或者实际利润很低，在符合条件的交易中，交割阶段仍可能发生10.21%的预扣。非居民之后可以在日本提交所得税申报，根据实际转让所得计算最终税额，再与已预扣金额进行结算。如果预扣额高于最终应纳税额，依法申报后存在取得退税的可能。
海外卖方需要区分交割现金和最终税负
对居住海外的日本房产所有人而言，这项制度首先影响的是交割当天实际收到的金额。适用预扣时，买方会从成交价中扣除相应税款后再向卖方支付；如果还需要支付中介费、登记相关费用或偿还贷款，最终可取得的现金会进一步减少。日本国税厅同时说明了海外工作或居住期间出售日本房地产后的报税及纳税管理人相关制度。税法上的居民与非居民身份、特别扣除是否适用，需要根据个人具体情况判断。因此，在制定出售资金计划时，应把“交割时预扣10.21%”和“报税后最终应缴转让所得税”视为两个不同阶段。